DNA anfärben mit Methylenblau

Idee

Zielsetzung des Versuchs war festzustellen, ob eine Detektion von DNA im Agarose-Gel mittels Methylenblau möglich ist. Im Gegensatz zu Ethidiumbromid ist Methylenblau relativ harmlos und zudem leicht und günstig verfügbar.

Versuch

Zu diesem Zweck haben wir zwei Agarose-Gele gegossen, von denen eines mit aus Apfelmus extrahierter DNA versetzt war. Beide Gele haben wir anschließend im Methylenblau-Wasserbad gefärbt.

TAE-Puffer

Zunächst haben wir einen TAE-Puffer nach folgendem Rezept angesetzt:

20150225_202949_HDR

  • 2ml 0,5M EDTA mit pH=8
  • 5g Tris
  • auf 1l mit H2O
  • HAc: eingestellt auf pH=8,5 mit einigen Tropfen klarem Haushalts-Essig

DNA-Extraktion

Einige Teelöffel Apfelmus wurden in warmem, nicht kochenden Wasser gelöst und mit einem gehäuften Teelöffel Salz und einem halben Becher Vollwaschmittel versetzt. Dabei werden die Zellen, sowie die enthaltenen Proteine, Fette etc. und auch die DNA aufgelöst.

20150226_202353_HDR

Nach ca. 15min wurde die Lösung abfiltriert und mit eisgekühltem Spiritus überschichtet. Dabei wechselt die DNA aus der wässrigen in die alkoholische Phase und es bildet sich aufgrund der niedrigeren Löslichkeit im Alkohol innerhalb weniger Sekunden eine dritte Phase, in der die DNA ausfällt.

Diese dritte Phase haben wir abpipettiert, die enthaltene DNA abzentrifugiert und das Pellet in TAE-Puffer resuspendiert.

Agarose-Gel

Danach haben wir mit TAE-Puffer zwei 50ml-Gele mit jeweils einem Massenprozent, d.h. 2x 500mg Agarose gegossen.

20150225_205923_HDR

Eine der beiden Gel-Suspensionen haben wir nach dem Erhitzen in der Mikrowelle mit DNA versetzt.

20150226_215713_HDR

Zusätzlich wurde auf dieses Gel eine grob resuspendierte, geringe Menge DNA-Lösung mittig aufpipettiert, die sich mit der noch flüssigen Agarose vermischte.

Färbung mit Methylenblau

20150227_113229_HDR

Einige Tropfen einer konzentrierten wässrigen Lösung von Methylenblau wurden in ca. 200ml Wasser gegeben – bei 660nm ergab sich eine optische Dichte von 0,650. Darin wurden die beiden Gele nach dem Erstarren über Nacht (ca. 8h) bei Raumtemperatur inkubiert.

Ergebnis

Die beiden Gele haben eine hellblaue Färbung angenommen, wobei das Gel mit der DNA deutlich erkennbar dunkelblauer gefärbt ist.

IMG_20150301_163101

Die zusätzlich in das eine Gel pipettierte DNA ist ebenfalls sehr gut erkennbar, bei Umgebungslicht als dunkle Fäden.

IMG_20150301_163246

Einen höheren Kontrast erreicht man durch Belichtung mit roten LEDs, die Licht mit 660nm Wellenlänge ausstrahlen - bei dieser Wellenlänge hat Methylenblau sein Absorptionsmaximum.

Fazit

Methylenblau eignet sich gut für den Nachweis von DNA. Zumindest bei hinreichend großen Mengen DNA erlaubt es eine Detektion durch mit bloßem Auge sehr gut erkennbaren Banden.

Literatur

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

*
*
Website